通称，巨人的地窖。位于埃及阿特拉斯山脉的炼金术师协会。积蓄与测算之院。魔术协会三大部门的一角，与其说是魔术师，不如说是将自己的肉体作为 Man·machine 进行改造的异能者的集团。为了规避人类的毁灭而不断制造毁灭人类之武器的自灭机构。该组织的唯一戒律为“自己的研究成果只能对自己公开”。然而，正如原作中所提及的那样，规避人类毁灭的方法，有相当大的概率会变成毁灭人类之物本身。此乃阿特拉斯院以及其相关人员所持有的，本质性的问题。如同意图抵达根源却无法抵达根源的时钟塔一般，同为魔术协会的炼金术师们，亦背负着无可奈何的宿业。阿特拉斯院的七大兵器，例如黑色枪身（Black Barrel）和Logos React，以及与之相连的发明创造，都具有同样的性质——这一点不言而喻。除此之外，不同于时钟塔魔术师，隶属于阿特拉斯院的炼金术师群体几乎没有魔术回路，但是被称作阿特拉斯六源的一部分家系持有“产生仅在自己体内活动之魔力”的特殊体细胞。这种被唤作家传特质的能力，从阿特拉斯院的目的出发，不过是琐碎小事，但这些家族为了“唤醒各自肉体的能力”，正在家族内部推进开发工作。举例而言，诸如艾尔特拉姆家族的灵线神经，作为医疗用途的模拟神经得到了开发，即便不是艾尔特拉姆的族人，只需要限定一部分功能就能加以使用。不过有一点是不会变的——只有艾尔特拉姆的族人才能真正活用这项能力。另外，紫苑·艾尔特拉姆·索卡利斯所持有的，被称作透明体的异能，是何等适合灵线神经，正如作品中描写的那般。不对，为什么只有六源家族的人拥有这种特殊体细胞呢？阿特拉斯院的起源……。